Infolge Ansäuerung des Urins wird die renale Ausscheidung saurer Arzneistoffe verlangsamt, die Ausscheidung basischer Arzneistoffe hingegen beschleunigt. Ammoniumchlorid ist inkompatibel mit einigen anderen Arzneistoffen, wie Chlortetracyclin, Nitrofurantoin, Sulfadiazin und Warfarin.
