Baneopol sollte während der Schwangerschaft nicht angewendet werden, es sei denn es ist klar notwendig. Aminoglykoside, vor allem bei parenteraler Anwendung, sind generell in der Schwangerschaft wegen oto- und nephrotoxischer Nebenwirkungen verboten. Informationen über die Ausscheidung der aktiven Substanzen und deren Metaboliten in die Muttermilch gibt es nicht, weshalb Baneopol Augensalbe während der Stillzeit nicht verordnet werden sollte.
