Effets indésirables

Outre les troubles de l'hématopoïèse tels leucopénie, thrombopénie et anémie, le Thiotepa peut déclencher d'autres effets indésirables, p. ex. douleur au site de l'injection, nausées, vomissements, anorexie, vertiges, céphalées, aménorrhée et perturbation de la spermatogenèse.
De l'hyperthermie et un suintement d'une lésion souscutanée peuvent survenir mais résulteraient de la fonte de tissu tumoral. Des épisodes allergiques sont rares mais des éruptions cutanées ont parfois été observées.